Образуването на град Томск започва през далечната 1604 г. с изграждането на крепост близо до река Том. Самият Борис Годунов благослови построяването на новия град и изпрати изображение на Света Троица в чест на това. В центъра на бъдещия град Томск започна строителството на нова църква. И от този момент нататък православният живот на жителите на града започва да расте и да се развива. В Томск се строят множество храмове, параклиси и църкви.
Църква Света Троица
Повече от 150 години осветената сграда на църквата Троица стои на Воскресенския хълм. Издигнат и осветен през 1844 г.
През тежките четиридесетте години на миналия век задните църкви се предаваха от ръка на ръка. Първо, през 1939 г. там е разположен гараж, а малко по-късно и пекарна на местна пекарна. След края на войната, през 1945 г., храмът е върнат на вярващите, а през февруари 1946 г. църквата е повторно осветена. Реставрационните работи в Троицката църква в Томск бяха извършени за сметка на енориашите. Църквата действа и до днес, работиНеделно училище и библиотека.
Църква Възкресение
Сред църквите в Томск тази е една от най-древните. На практика е на същата възраст като града. Първоначално на територията на манастира е построена дървена църква през 1644г. През 1789 г. е положена основата на нова двуетажна църква. След завършването на строежа на новата сграда старата дървена църква е опожарена и разпръсната на вятъра по православен обичай. Подобно на много църкви в Томск, през втората половина на 30-те години на миналия век храмът е затворен и едва през 1995 г. е повторно осветен и православните вярващи могат отново да присъстват на службите.
Znamenskaya Church
Църквата носи името на иконата на Божията майка "Знамение". Първоначално това е обикновен дървен храм, построен през 17 век. Строителството на каменния храм започва през 1784 г. за сметка на благородството на Качалови, потомци на Иван Качалов, който се смята за основател на църквата. През 1935 г. църквата е разрушена и възстановена едва през 1992 г. за сметка на енориаши.
Църква Петър и Павел
На един от хълмовете, спускащи се към заливната част на река Ушайка, известен на местните като Мухин Хълм, някога е имало кръст и параклис. По-късно на това място е построена катедралата Петър и Павел. Църквата е осветена през 1911г. През 1938 г. богослуженията са прекратени, а на територията на църквата е разположен склад за дестилерия. Но още през 1945 г. църквата се връща към обичайната си рутина. Църквата Петър и Павел е една от малкото църкви в Томск, която продължава да приема енориаши в периода от 50-те до 90-те годинигодини на XX век.
Домашна църква на името на Свети Николай Чудотворец
В началото на 90-те години на базата на психиатрична болница е построена и осветена една от църквите в град Томск, носеща името на св. Николай Чудотворец. Първоначално той е изграден според определена концепция, а именно взаимодействието на духовните сили на Господ и лечебните средства на медицината в помощ на психично болните. Идеологическата страна обаче е загубена през 1920 г., когато църквата е затворена. В края на 90-те години отново се появява идеята за отваряне на църква в болницата. От 2003 г. тук започват реставрационни работи. В момента вярващи сред болни и медицински персонал идват на службата с удоволствие.
Църква Св. Сергей Радонежски
Това е най-младата от църквите в Томск. Основател на църквата е Г. И. Тригорлов, директор на завода за импрегниране на траверси. Виждайки един от параклисите в Ярославъл, той беше толкова възхитен от цвета му, че се зае да построи същата църква в родния си град. По личен проект на Г. И. Тригорлов храмът е построен и осветен през 1997 г.
Катедрала на Богоявление
Първоначално, през 1630 г., това е била малка църква на Богоявление. Много по-късно получава статут на катедрала. Дървената църква често е страдала от пожари, но всеки път е била възстановявана. През 1777 г. е решено на мястото на старата дървена сграда да се построи модерна каменна сграда. През 30-те години храмът е затворен, а в стените му е разположена фабрика за обувки. Сградата е върната през 1997 г. Руската православна църква и започна работа по нейната реставрация.
